以下为在线蒸汽灭菌操作步骤：
标准的操作程序(确保开始时阀门全部关闭)
1、检查蒸汽供给和压缩气体的压力，把他们设置在待定值上（建议蒸汽压力设置在1.5bar-2bar之间）。
2、打开阀门1和阀门2，净化蒸汽管路直到完全清除冷凝水。
3、完全打开阀门4和阀门5，让过滤器内的冷凝水排出。
4、慢慢打开阀门3来增加蒸汽的流入和加热过滤芯（时间约3-4分钟）。
5、部分关闭排气阀阀门2，阀门4和阀门5，让蒸汽（含水滴）连续排出。
6、分别打开阀门9和阀门10来建立稳定的蒸汽流动，允许冷凝物和过滤器中的空气排出。
注意：控制压力表P1和P2，过滤时保持△P（P1-P2）小于350mbar，这点非常重要。
7、确保所有空气和冷凝物通过阀门2，阀门4，阀门5，和阀门10有效的排出，这个过程中可以看到有一束蒸汽和水滴连续流出.。
8、 蒸汽在滤芯顺流时的温度，通过温度压力表2处T2测量（温度压力表2安装处应尽可能接近过滤器出口），在温度达到121.1℃（确保压力温度表1处温度不超过128℃），计时器运行。灭菌的时间至少在30分钟或者更长。在灭菌期间，压力和温度都需要定时的记录下来。
9、灭菌周期完成，关闭蒸汽供给管道阀门1和慢慢打开阀门6来让压缩气体进入系统。
警告：确保系统保留在正向压力下（P1＞P2＞0）和控制△P（P1-P2）在过滤器上不超过350mbar。
10、把蒸汽通过阀门排出后，关闭阀门2和阀门4，以增加通过过滤器的气体量，维持气体流动使整个系统变冷直到温度压力表2处T2显示温度大约30℃。
11、当它在不使用的时候，分别关闭阀门10, 阀门9,和阀门5，保持阀门6和阀门3打开，来保持灭菌过的系统处于正向压力下（此时确保0＜P1≤2bar）。
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